Om de verschillende werkgebieden goed aandacht te kunnen geven, werkt het deputaatschap met vijf commissies. Daarnaast is er een moderamen van zes leden die het algemene werk van deputaten behartigt. Die vijf commissies komen viermaal per jaar bijeen, om de voortgang van het werk in een van de deelgebieden te bespreken met de zendingsconsulent. Eenmaal per jaar hebben deze vijf commissies overleg met elkaar om uiteenlopende zaken af te stemmen. Daarnaast wordt er jaarlijks een bezinningsbijeenkomst voor de (negentien) zendingsdeputaten georganiseerd. Zij denken dan met elkaar na over een bepaald thema, bijvoorbeeld over wederkerigheid en gelijkwaardigheid in zendingssituaties. De zendingsconsulent is in dienst van het deputaatschap en belast met de uitvoering van het werk. Hij is de eerstaangewezen persoon om contact te onderhouden met de verschillende zendingsprojecten.
