Het algemene werk van deputaten Buitenlandse zending wordt behartigd door een moderamen van zes leden.
Om de verschillende werkgebieden goed aandacht te kunnen geven, werkt het deputaatschap met vijf deputaatschapscommissies (DSC’s): DSC Azië, DSC Europa, DSC voor een zendingsgebied in het hoge Noorden, DSC Oostelijk Afrika en DSC Zuidelijk Afrika. De commissies komen viermaal per jaar bijeen, om de voortgang van het werk in een van de deelgebieden te bespreken met de zendingsconsulent. Eenmaal per jaar hebben deze DSC’s overleg met elkaar om uiteenlopende zaken af te stemmen.
Er wordt jaarlijks een bezinningsbijeenkomst voor de (negentien) zendingsdeputaten georganiseerd. Zij denken dan met elkaar na over een bepaald thema, bijvoorbeeld over wederkerigheid en gelijkwaardigheid in zendingssituaties.
De zendingsconsulent is in dienst van het deputaatschap en belast met de uitvoering van het werk. Hij is de eerstaangewezen persoon om contact te onderhouden met de verschillende zendingsprojecten.