Het deputaatschap verleent pastorale zorg aan schippers en hun gezin.
Schippers leiden een onregelmatig en nomadisch leven; ze zijn altijd onderweg. Hierdoor kunnen ze slechts weinig zondagen in hun thuisgemeente kerken. Van het gemeentelijke leven missen ze veel. In Mannheim (Duitsland) worden erediensten gehouden.
Niet alleen schippers, maar ook zeevarenden ontvangen missionaire, pastorale en diaconale aandacht. Zeevarenden zijn soms wel zes tot twaalf maanden van huis. Doordat de bemanning vaak uit verschillende landen afkomstig is, heerst er eenzaamheid. Aan de Moerdijk is al een aantal jaren een zeemanshuis waar de zeelieden welkom zijn en kunnen skypen met hun familie. Er zijn Bijbels voor hen in hun eigen taal.