De Theologische Universiteit Apeldoorn (TUA) is oorspronkelijk opgericht als opleiding van predikanten binnen de Christelijke Gereformeerde Kerken. Die in 1894 gestichte Theologische School werd in 1968 opengesteld voor studenten die geen predikant willen worden in de CGK, maar die wel een wetenschappelijke theologische opleiding willen volgen. De naam veranderde in Theologische Hogeschool. In 1989 kreeg de opleiding de status van universiteit en heet sindsdien Theologische Universiteit Apeldoorn.
Sinds 1919 is de opleiding gevestigd in Apeldoorn, in een ruim herenhuis aan het Wilhelminapark. De oorspronkelijke villa is inmiddels uitgebouwd tot een modern gebouwencomplex.
De opleiding heeft een gestage ontwikkeling en uitbreiding doorgemaakt. De studenten, docenten en het onderwijsondersteunend personeel van de TUA vormen een hechte gemeenschap die zich vanuit een hartelijke verbondenheid met de gereformeerde geloofstraditie wil inzetten voor de ontwikkeling en vernieuwing van een bijbels georiënteerde, gereformeerde theologie.
De generale synode is het hoogste orgaan van de CGK en daarmee ook van de TUA. Drie deputaatschappen (curatorium, toezicht en studie- en stimuleringsfonds) geven inhoud aan de kerkelijke verantwoordelijkheid.