De eerste protestanten
In de 16e eeuw splitste een groot aantal christenen zich af van de toenmalige Rooms-Katholieke Kerk. Dit noemen we de Reformatie. Deze mensen staan bekend onder de verzamelnaam ‘protestanten’, maar zij noemden zichzelf meestal anders. In Frankrijk en Duitsland heetten zij bijvoorbeeld ‘evangelisch’ en in Nederland ‘gereformeerd’ of ‘hervormd’. De Nederlandse gereformeerde kerken hielden in 1618 een belangrijke vergadering in Dordrecht, waar allerlei afspraken met elkaar werden gemaakt.
Nadruk op persoonlijke beleving
In de 17e en 18e eeuw kwamen er nieuwe ontwikkelingen. Er kwam meer nadruk op de persoonlijke beleving van het geloof. Deze beweging noemen we ook wel de Nadere Reformatie. Hiermee wordt aangegeven dat de beweging in de traditie van de 16e-eeuwse Reformatie wilde staan, maar daar een toespitsing aan wilde geven. De christelijke gereformeerde kerken zijn ook beïnvloed door deze beweging.
De regering krijgt grip op de kerk
In de 19e eeuw kwam er in de grote Nederlandse gereformeerde kerk steeds meer invloed van stromingen die kritisch stonden tegenover de Bijbel. Ook de regering probeerde greep op de kerk te krijgen. Zo werd er een reglement opgelegd aan de kerk, die de afspraken die de kerken in 1618 hadden gemaakt, moest vervangen. Dit was het begin van de Nederlandse Hervormde Kerk, nog steeds de grootste protestantse kerk in Nederland (inmiddels onderdeel van de Protestantse Kerk Nederland).
Een aantal kerken scheidt zich af
Deze ontwikkelingen riepen veel protest op. Dit leidde ertoe dat een aantal kerken zich in 1834 afscheidde van de Nederlands Hervormde Kerk. Deze beweging begon in het Groningse Ulrum, onder leiding van predikant Hendrik de Cock. Zij bestond uit allerlei groepjes kerken. Twee daarvan waren de Christelijke Afgescheiden Gemeenten en de Gereformeerde Kerk onder het kruis. Deze twee groepen verenigden zich in 1869 en noemden zich voortaan Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland.
Invloed van dr. Abraham Kuyper
In 1886 kwam de zogenaamde Doleantie, onder leiding van de staatsman-predikant Abraham Kuyper. Hij wilde de Nederlands Hervormde Kerk van binnenuit herstellen. Hij ontmoette echter weinig begrip binnen die kerk, zodat zijn actie uitliep op een tweede afscheiding van een nieuwe groep kerken. Van de kant van de Christelijke Gereformeerde Kerk was er eerst sympathie voor deze beweging. Er waren echter ook bepaalde bezwaren, vooral tegen sommige opvattingen van de invloedrijke dr. Kuyper.
Een klein deel blijft zelfstandig
Toen Kuyper in 1892 zijn nieuwe afscheiding doorzette, gingen veel christelijke gereformeerde kerken mee. Deze kerken heetten toen de Gereformeerde Kerken in Nederland. Op 1 mei 2004 zijn deze kerken, samen met de oudere Nederlands Hervormde Kerk samengegaan in de Protestantse Kerk in Nederland. Een klein deel van de christelijke gereformeerde kerken wilde in 1892 niet mee met de beweging van Kuyper en bleef zelfstandig. Zij zagen hun bezwaren niet beantwoord en daarom zetten zij de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland voort.
Een eigen opleiding
In 1894 werd de Theologische Hogeschool opgericht, sinds 1919 gevestigd in Apeldoorn aan het Wilhelminapark, dichtbij het centrum. Het ruime herenhuis waarin de opleiding begon, is inmiddels uitgebouwd tot een modern gebouwencomplex. In de jaren tachtig kreeg de opleiding de status van universiteit, zodat de officiële naam nu is: Theologische Universiteit Apeldoorn (TUA).
Verband van plaatselijke kerken
In 1947 veranderde de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland zijn naam in Christelijke Gereformeerde Kerken, om daarmee uit te drukken dat het gaat om een verband van allerlei plaatselijke kerken en niet om één grote kerk. Na 1892 ontwikkelden de christelijke gereformeerde kerken zich steeds meer zelfstandig, terwijl het ledenaantal gestaag groeide tot ongeveer 75.000 rond 1985. Daarna begon een lichte daling. In januari 2023 tellen de kerken 69.063 leden. Er zijn ongeveer 180 plaatselijke kerken aangesloten bij de Christelijke Gereformeerde Kerken.

De eenheid bewaren
Met dankbaarheid maken we melding van het feit dat de Christelijke Gereformeerde Kerken bewaard zijn gebleven voor kerkscheuringen, ook al hebben enige predikanten en gemeenten haar incidenteel verlaten. Het is niet altijd eenvoudig om de band van de eenheid te bewaren, omdat er tussen de plaatselijke kerken soms verschil bestaat in geloofsbeleving. Dit kan tot spanningen leiden. Ook zijn er bepaalde theologische ontwikkelingen die van tijd tot tijd onrust veroorzaken. Er is echter nog steeds eenheid; een eenheid die bepaald wordt door de Bijbel en de aangenomen belijdenis.