Eens in de drie jaar komen de kerken bijeen in een generale synode. Deze synode bestaat uit tweeënvijftig afgevaardigden uit de vier particuliere synoden. De hoogleraren van de Theologische Universiteit Apeldoorn zijn als adviseurs aanwezig.

Tijdens de generale synode maken de kerken onderlinge afspraken die in principe bindend zijn, in elk geval voor de komende drie jaar. Ook worden daar de hoofdzaken van het beleid voor de gezamenlijke kerken vastgesteld.

De generale synode kan commissies instellen met een speciale taak. Deze noemen we deputaatschappen.